Après la victoire de la fin de la série, on retrouve Manabu et l'équipage du Big One ainsi que son nouveau membres : Killian Black. Mais Manabu n'arrive pas à la supporter et comprend peu à peu ce qu'à du ressentir Bruce, lorsque lui même a été integré. Mais il doit mettre ses sentiments de côtés, car un nouveau danger se profile à l'horizon.

Après avoir été témoin de l'assassinat de sa mère par le Comte de Fer, Teddy, un jeune garçon, rencontre Marina, une mystérieuse femme qui lui offre un billet pour le Galaxy Express 999. Ce train de l'espace les conduit vers la Métal, une planète où l'on robotise les humains afin d'atteindre l'immortalité. Au long de leur long voyage, ils visitent de nombreuses planètes et leurs rencontres leur fait prendre conscience que l'immortalité n'est pas une solution.