Héritière d'une guerre millénaire entre anges et sorcières, Bayonetta est la dernière de celles-ci et continue sa lutte contre les ennemis qui la traquent. Sa mémoire ne remonte pas malheureusement à plus de 20 ans, lors de son éveil au fond d'un lac. Bien décidée à découvrir la vérité sur ses origines, elle se met en route vers la ville de Vigrid, où le leader du groupe religieux Ithavoll a prédit l'avènement de Jubileus, le Messie.