Durant deux-mille ans, trois groupes de jeunes filles se sont combattues sur la Terre sans jamais qu'il n'y ait de vainqueur. Leurs noms sont Ayarashiki, Wiz-Dome et DarkLore. Mais aujourd'hui, deux nouveaux groupes sont apparus : les Evolution Girls Organization (ou E.G.O.) et les Mind Breaker. Ce dernier groupe est exclusivement composé d'hommes. Les Mind Breaker ont le pouvoir de contrôler tous les groupes de filles. Mais avec l'arrivée de ceux-ci, un autre groupe de filles est apparu : les Eraser, qui ont pour mission de protéger les Mind Breaker.
Par ailleurs, Kyôta est un jeune homme qui constitue avec ses deux amis un groupe de musique amateur. Yoriko, elle, est l'amie d'enfance de Kyôta. Lors d'un des concerts de Kyôta, Yoriko aperçoit trois jeunes filles qui se battent dans le ciel. C'est le début d'une nouvelle ère : Aquarian Age.