Le Japon est toujours sous la domination du système Sybil. Mais, des terroristes, remontés contre ce système, arrivent à entrer illégalement sur le territoire japonais. Grâce à l'inspecteur Akane Tsunemori, ils sont arrêtés avant d'avoir fait le moindre mal. C'est alors qu'un scan mémoriel établi que ces terroristes ont tous connu l'ex-exécuteur, Kougami.
Kougami a-t-il vraiment aidé les terroristes ? Une seule option pour le savoir : le retrouver.