L'Alchimie existe pour permettre aux hommes d'améliorer leur quotidien. Pour pouvoir l'utiliser, ils doivent comprendre un principe fondamental : pour chaque chose créée, il faut en sacrifier une autre. C'est le principe de l'Échange Équivalent.
Edward et Alphonse Elric l'ont appris à leurs dépends.

Pour retrouver ce qu'ils ont perdu, les deux jeunes frères s'engagent dans l'armée d'Amestris, et à la solde du gouvernement, tentent de calmer les nombreux conflits à l'aide de leur alchimie.
Leur quête de la Pierre Philosophale les mènera vers de nouveaux amis, vers un complot à l'échelle nationale, et vers une Vérité plus que terrifiante.
Réussiront-ils à déjouer les plans de Father ? Et qui se cache derrière ce physique si familier ?

"Qu'avons-nous ici, entre les mains, est-ce l'Espérance ou le Désespoir ?"