"Yorinuki Gintama-san" est le best-of des épisodes de Gintama (la première série) avec comme différence de nouveaux génériques et la capacité de regarder les épisodes en Haute Définition. L'histoire est la même.

L'histoire se passe à l'époque Edo, où suite à une guerre entre humains et aliens (nommés ici Amanto). Les Amantos ont gagnés la guerre et ont modernisé Edo. Seul petit bémol, une nouvelle règle stipule que le port de l'épée est interdit, ce qui fait disparaître petit à petit les samouraïs. Mais un de ces derniers samouraïs décide d'agir à sa manière, il s'agit de Gintoki Sakata. Il créa le "Yorozuya", un service d'hommes-à-tout-faire, dont rejoindra le jeune Shinpachi Shimura et une fille alien à la force incroyable, Kagura Yato. Ensembles, ils vont effectuer toutes sortes de petites besognes dans ce nouvel Edo.