En 1800, vers la fin de l'ère Edo, la population se balance entre les idéologies évolutionnistes et conservatrices. Dans ce conflit, des hommes agissent dans l'ombre de la société. Ils possèdent les derniers pistolets automatiques, sont vêtus de noir et leurs mouvements dépassent de loin ceux d'une personne ordinaire. Ce groupe est appelé Samurai Gun. Cette troupe armée s'organise pour renverser le gouvernement en place. Nanagomaru Ichimatsu, l'un des membres du Samurai Gun, suite à la mort de sa sœur ainée, est emporté dans un tourbillon d'événements tragiques sans vraiment comprendre le sens profond du combat qu'ils mènent. Où est la vraie justice ? Quel est le démon qu'ils doivent haïr ? Alors qu'il commence à douter de leur mode de vie, leur combat contre le gouvernement se durcit.