L'histoire se déroule dans un futur proche, et décrit une jeune fille vivant dans une institution qui a élevé des enfants afin de vendre leurs organes sur le marché noir pour des transplantations d'organes. Une jeune fille qui s'est baptisée elle-même "Ray" parce que le nombre (075 - 1 - 74) inscrit sur son dos (utilisé pour identifier les enfants) est égale à zéro lorsqu'on le soustrait (rei est le mot japonais pour zéro). Après que l'organisation lui ai retiré ses yeux d'origine pour les vendre, elle a été sauvée et des yeux lui permettant de voir à travers n'importe quelle matière lui sont greffés par un mystérieux médecin appelé Black Jack. Elle sera ensuite adoptée par un chirurgien nommé Dr Kasugano. Dix ans plus tard Ray est une chirurgienne hors du commun en partie grâce à la capacité de ses nouveaux yeux. C'est tout en exerçant et en sauvant des vies

Black Jack is an "unregistered" doctor with a clouded, mysterious past. He works with his little assistant Pinoko (who has a massive crush on the doctor), dealing with medical cases not very well known, which can be strange, dangerous, or not known at all. But he is a genius, and can save almost any of his patients` life (as long as they have the money for it, that is), and is known to many around the world, especially to those of medicine and science. He`s a man of science himself, and does not believe much until he has seen it, yet it is many times he is surprised by love and nature often overpowering the science he bases his life in.