Le guerre contre le terrorisme a littéralement explosé le jour où Sarajevo a été détruit par un explosif nucléaire fait maison. Les démocraties dirigeantes se sont alors transformées en état de surveillance totale et les pays en développement furent noyés dans des vagues de génocides.

Un mystérieux américain du nom de John Paul semble être derrière l'effondrement du système mondial, et c'est l'agent Clavis Shepherd qui se voit confier la mission de suivre cet homme afin de trouver le véritable cœur des ténèbres, un organe génocidaire.