L’histoire nous entraîne dans le quotidien de Toru Acura, un soldat de 20 ans à la retraite depuis la fin de la guerre, qui vit avec sa sœur adoptive. Un jour, Toru fait la rencontre de Chaika, une mystérieuse fille qui porte un énorme cercueil sur son dos.
Dès lors, la vie du jeune homme prend un tout autre tournant…