Après son sauvetage concluant, Fuuka Yamagaishi est désormais une membre des S.E.E.S et se trouve être d'une aide précieuse puisqu'elle remplacera Mitsuru Kirijo lors des déplacements dans Tartarus. Sa Persona ne combat pas mais donne beaucoup d'informations sur les ennemis et fera office de support aux combats. L'été bat son plein et les vacances arrivent. Mitsuru décide d'inviter toute l'équipe à passer quelques jours dans son manoir, sur l'île de Yakushima, pour profiter de la plage ! L'équipe des S.E.E.S va alors faire la rencontre de plusieurs personnes importantes, tels que de nouveaux membres mais aussi d'un groupe nommé Strega prêt à leur mettre des bâtons dans les roues !

Suite aux révélations qui ont été faites de la part de Ryoji, les S.E.E.S doivent faire un choix très difficile qui semble n'avoir pourtant qu'une seule issue. Le moral est au plus bas, mais Makoto décide de prendre les devants avant que le monde ne disparaisse...