Le Peperochino est un bateau chalutier d'observation de la vie marine. Son capitaine Scott, océanologue, parcours les mers avec sa fille Nanami et son meilleur ami Al à la recherche d'un animal mythique : la Baleine lumineuse, une baleine blanche unique évoquée dans de nombreuses légendes marines. Ils voyagent accompagnée de Tico, une orque femelle qui s'est liée d'amitié avec Nanami. Mais un groupe d'industriels envoie des scientifiques, sous la coupe du professeur Leconte, pour faire des recherches sur le torontium, une étrange matière lumineuse en lien avec la baleine mythique. Leur but étant de fabriqué une arme biochimique avec celle-ci. Scott, Nanami, Al et Tico vont se retrouver régulièrement confrontés à Leconte et son équipe, vivant ainsi de nombreuses et dangereuses aventures au cours desquelles ils croiseront la route de Cheryl, une riche héritière anglaise