Allen Walker est un jeune exorciste de 15 ans qui rejoint une organisation : la Congrégation de l'Ombre, suite à son entraînement avec le Maréchal Cross Marian, exorciste avec des capacités supérieures. D'abord considéré comme un ennemi en raison de la malédiction qu'il arbore sur son œil gauche, Allen sera vite accueilli par la communauté, notamment par Lenalee Lee, la sœur du Grand Intendant. Allen enchaînera alors différentes missions avec différents autres exorcistes à la recherche d'Innocences, des fragments de cristal divin disséminés à travers le monde. Chaque exorciste en possède une, ce qui lui permet de lutter efficacement contre leurs ennemis : les Akumas, des êtres humains ayant succombé au Comte Millénaire. Allen possède la sienne dans son bras gauche, mais les exorcistes comme lui, dit symbiotiques, bien que puissants, sont rares.