Il y a 10 ans est apparu un champ de force d’origine inconnue autour de Tokyo que l’on nomme « La porte des Enfer ». Une semaine après sa création, la police découvre l’existence des contractors et des dolls. Alors que les premiers sont des êtres humains qui possèdent des pouvoirs surnaturels, les dolls sont leur intermédiaire. Contrairement aux contractors ils semblent générer par un programme. Leurs existences devant rester secrètes aux yeux de la population la quatrième section des Affaires Etrangères dont fait parti l'agent Kirihara Misaki veille à ce que chaque personne normale qui entre en contact avec un contractor voie sa mémoire effacée. C’est dans cette logique que la police poursuit une scientifique du nom de Shinoda Chiaki. Cette jeune femme a obtenu un prix pour sa thèse traitant des caractéristiques physiques de la « Porte » et a disparu depuis plusieurs semaines. Sous une fausse identité, cette fugitive fera la rencontre de Lee un étudiant qui la protègera des contractors et de la police. Malgré son allure calme et souriante, celui-ci ne semble faire qu’un avec le mystérieux individu qui tue des contractors, leur vouant une haine plus sombre que le noir.

Après la destruction de "l'Anneau de Saturne", Hei et Yin sont en fuite, poursuivis par presque tout le monde, le Syndicat en tête de leurs ennemis. Mais fuir n'est pas la seule chose qu'ils font. Revenue à Tokyo, Hei traque le pactisant de la fleur noire, HV117 : nommée "Harvest", qui menace l'équilibre entre les humains et les pactisants.Hei peut-il tuer "Harvest" et éviter que le chaos apparaisse à Tokyo ? Cette histoire a lieu juste après les événements de la première saison de l'anime, Darker than Black - Kuro no Keiyakusha.