Il s'agit du 18ème film d'animation de la célèbre franchise Pokémon créée par Satoshi Tajiri.Sacha et Pikachu, après avoir été téléportés à Désert City, font la rencontre de Hoopa, un petit Pokémon qui aime les donuts. C'est à cause de lui et de ses anneaux que nos héros sont séparés du reste du groupe. Ils font la rencontre de Mary puis de Balza. Balza semble avoir trouvé un drôle de pot et en y entrant sa main dedans, d'étranges signes apparaissent. Dans la ville, ces mêmes signes apparaissent et libèrent Groudon, Kyogre, Giratina, Kyurem, Dialga et Palkia.

Afin de protéger la ville, Hoopa utilise ses anneaux pour envoyer d'autres Pokémon : Lugia, Latias, Latios et Rayquaza. La ville devient alors chaos total. Comment Sacha et Pikachu vont-ils sauver le monde cette fois ? Et qu'arrive-t-il à Hoopa ? Il ne semble plus lui-même...