L'histoire s'inspire de D.backup, une œuvre signée Physics Point, un duo composé d'Otono Shimura et de Suyuli Hiraume. Ils ont gagné le "Anime-ka Taish? 2013" organisé par Pony Canyon et qui permettait de recevoir une grosse somme d'argent et de voir son projet être adapté en anime.

L'espace virtuel connu sous le nom de Boîte de Sagesse est une immense base de données où sont stockées des informations sur différentes époques, différents lieux et différentes personnes. Toutes les données stockées sont ou ont été réelles, et sont protégées par deux puissants antivirus : Dual et Dorothy.

Mais depuis quelque temps, toutes deux ont constaté que des virus se propageaient de plus en plus et infectaient les différents mondes, les obligeant ainsi à les détruire.

Un jour, alors qu'elles viennent de détecter la présence d'un virus particulièrement coriace, Dual et Dorothy constatent qu'une autre jeune fille, Remo, est attaquée par le virus. Elles parviennent à la sauver mais ne savent pas vraiment comment réagir face à cet être mystérieux dont elles n'arrivent pas à déterminer la provenance. Leur seul indice : le Jardin Fleuri, où Remo souhaite retourner, sans précisément savoir où il se trouve.