Nous retrouvons Asuna, Kirito, Klein, Rika/Lisbeth et même Suguha/Lyfa au lycée des anciens joueurs de Sword Art Online. Alors que les filles prennent du bon temps à la piscine, Kirito expose à un ancien collègue de Kayaba les dangers que recelaient la (sur)vie dans le monde d'Aincrad. Les joueurs prennent ensuite leurs avatars Alfheim. La fine équipe et l'intelligence artificielle Yui se lancent dans une quête sous-marine.