Tokyo, capitale du Japon, n'est plus. Aujourd'hui, elle n'est connue que pour être la plus grande ville fantôme au monde. Il y a 20 ans, une catastrophe nucléaire a transformé la riche cité pleine de vie en un lieu où les radiations mortelles règnent en maître. C'est dans ce no man's land qu’apparaissent trois étranges lycéennes : Ibara Naruse, Aoi Fukasaku et Taeko Nomura. Crées de toute pièces par manipulations génétiques, ces trois jeunes filles sont les seules à pouvoir arpenter l'immense désert urbain à la recherche des rares personnes qui ont survécu à la catastrophe. C'est la mission qu'on leur a confiée, l'unique but de leurs existences. Mais au milieu des décombres et parmi ces survivants, il y a encore beaucoup de zones d'ombres...