Sakura est une fillette de 10 ans qui vit tranquillement avec son père et son frère aîné dans la petite ville de Tomoeda. Un jour, en faisant le ménage, elle trouve un étrange livre dans la bibliothèque de son père. En l'ouvrant, elle provoque une brusque bourrasque et l'éveil d'un étrange "animal" nommé Kerbéros. Celui-ci lui annonce qu'il est le gardien des cartes magique de Clow, et que suite à l'intervention de Sakura, les cartes se sont envolées. Il charge alors la jeune fille de toutes les réunir avant qu'elle ne commettent de gros dégâts, mais Sakura n'est pas la seule en course.

Sakura ayant toutes les cartes en sa possession, n'a plus qu'à penser à sa vie et à ses propres envies. Durant cette période d'accalmie, le festival de Nadeshiko se planifie et la classe de Sakura organise une représentation de théâtre dont elle est bien entendue la vedette. Le retour de Lionel (Shaolan) et de Stéphanie (Mei Lin) vient égayer un peu sa routine et se rajoute à ça, quelques événements mystérieux qui donnent à penser, que c'est une carte qui est derrière tout ça. Ce film est la conclusion de la série.