L'histoire commence lorsque Shouko Nishimiya intègre en cours d'année la classe de primaire de Shouya Ishida. La jeune Shouko est une sourde-muette et Shouya est un élève assez turbulent. qui commencera à la brutaliser, ne sachant pas comment s'y prendre avec elle.
Seulement un jour, le garçon dépasse les limites et le directeur demande qui a cassé les appareils auditifs de Shouko. Shouya, dénoncé par ses camarades réalisera qu'il se retrouve tout seul car tout le monde lui tourne le dos. Shouko est transférée dans une nouvelle école et Shouya se rend compte qu'elle souhaitait juste être son amie.
Les années passent : Shouya est désormais un lycéen de dernière année. Rempli de remords, il ne peut penser à autre chose qu'à se repentir de ses actes envers Shouko. Il a même décidé d'apprendre la langue des signes pour qu'elle puisse comprendre ce qu'il a à lui dire. Le hasard fait que Shouya est dans le même lycée que lui, mais il ne sait pas encore que ces retrouvailles vont bouleverser son destin.