De nombreux hommes ont émigré dans l'espace et ont construit de gigantesques complexes pour y vivre: on les appelle "colonies spatiales".
Universal Century An 0079, soit 79 ans après l'émigration dans l'espace, la colonie "Side 3" ou "Duché de Zeon" déclare son indépendance face à la Fédération terrestre qui a soumis le globe et les colonies à sa puissante armée. C'est ainsi que la guerre d'Un An débute, emmenant dans son sillage la moitié de l'humanité.
Zeon a la victoire quasi acquise grâce notamment à ses Mobile Suits qui lui confèrent une supériorité dans les combats. C'est alors que dans le plus grand secret les ingénieurs de la Fédération conçoivent le Mobile Suit Gundam mais Zeon lance une attaque pour le détruire. Dans la confusion Armuro Ray, jeune adolescent, devient le pilote du Gundam. Il doit maintenant piloter le Gundam contre les forces de Zeon et notamment contre Char Aznable, l'officier le plus talentueux de Zeon...