Le vaisseau White Base, refuge des rescapés de la colonie Side 7, a débarqué sur Terre en plein territoire Zeon et a dû lutter pour rejoindre ses alliés de la Fédération. Après moult batailles, les voilà repartis en direction de Jaburo, quartier général des forces Fédérales. Mais le voyage ne sera pas de tout repos. Amuro Ray, pilote du Gundam, finit par comprendre qu'il est probablement un Newtype, doté de capacités supérieures aux humains. Sayla Mass est désormais certaine que Char Aznable, champion des forces de Zeon, est son frère aîné. Et d'autres drames attendent l'équipage de la White Base harcelé par un ennemi implacable...

UC0087 : sept ans ont passé depuis la fin de la Guerre d'Un An. Rendu paranoïaque par les exactions des survivants des Forces de Zéon (voir Gundam 0083), le Gouvernement Fédéral a autorisé la création d'un corps d'armée spécial, les Titans, dont le rôle est de pourchasser ceux-ci, mais qui se comportent en véritables SS. C'est dans des conditions dramatiques que le jeune Camille Bidan va s'engager aux côtés de l'AEUG, groupe paramilitaire soutenu par des trust politico-économiques, pour lutter contre les Titans. Or, ce que tout le monde ignore encore, c'est que le conflit qui se dessine derrière ce qui fut tout d'abord une guerre froide, cache des enjeux bien plus complexes que quiconque peut l'imaginer. Alors qu'Amuro Rei, Bright Noah et les vétérans de la Guerre d'Un An doivent reprendre les armes, une nouvelle génération de jeunes gens va se consumer dans le brasier de la guerre, tandis que coulent les larmes du temps.

UC 0079, sur la Colonie Side 7, trois Mobiles Suits de Zeon, des Zaku II, entrent dans la Colonie pour y trouver la nouvelle arme de la Fédération, un certain Projet V. Une alerte est déclenchée visant à évacuer les civils de la Colonie. Parmi eux se trouve Amuro Ray, un jeune homme dont le père travaillait sur ce fameux projet V. Il verra allongée sur un camion la nouvelle arme de la Fédération : un Mobile Suit du nom de Gundam.