"C'est relou..." est la sempiternelle rengaine de Seishirô Nagi, élève de première qui se complait dans la mollesse. Sa vie connaît un tournant radical quand il fait la rencontre de Reo Mikage. Beau, intelligent, sportif et héritier d'une imposante entreprise, Reo a tout pour lui, mais n'a qu'une seule envie : devenir champion du monde de football. Pour y parvenir, il décide d'embrigader le paresseux Nagi dans son club de football après avoir été témoin des dons naturels de ce dernier, capable des prouesses techniques les plus incroyables... sans effort. Dotés de capacités exceptionnelles, le duo ne va pas tarder à se faire remarquer. Notamment par un programme très spécial destiné aux meilleurs attaquants... le Blue Lock !

Au Jardin-boîte, une ville minière sous la gouverne des industries Taihei, le sol est parcouru de galeries en tout genre qui doivent être cartographiées. C'est ainsi que deux jeunes, Kagari et Yûya, font ce métier dans l'espoir d'améliorer leur quotidien, de plus en plus sombre…

Depuis peu, à Ôgi, des groupes entiers disparaissent mystérieusement et ne laissent derrière eux que de sinistres traces de pneus. Nul ne sait qui les enlève et pour quelle raison, mais les soupçons se portent naturellement sur l’Ombre, les souterrains de la ville où résident toutes sortes de hors-la-loi et de marginaux. C’est là que s’infiltre Sôtarô, un détective privé à la recherche des disparus. Cependant, il est loin d’être au bout de ses surprises...