Alors que Kenshin, Sannosuké, Kaoru et Yahiko sont en visite à Yokohama, ils rencontrent Shigure Takimi, un survivant du Bakumatsu qui se battait à l'époque pour le fief d'Aizu, dans le camp opposé de Kenshin. Bien loin de lui en vouloir, Shigure accueille "la bande de Kenshin" avec amitié et gentillesse. Mais Shigure est-il vraiment si net qu'il y paraît? Kenshin et ses amis vont rapidement découvrir que celui-ci fomente une rébellion contre le gouvernement Meiji.

Noiseman, un monstre créé par un savant fou à partir de graines de bruit (noise), prend le contrôle de l'humanité en lui lavant le cerveau. Heureusement, un adolescent croque par hasard un fruit qui le guérit de cette "amnésie". C'est le début de la rébellion contre Noiseman, le maître du bruit...