Le deuxième film Spécial Pokémon.Sacha, Flora, Pierre et Max accompagné du célèbre Pokémon : Pikachu sont invitées par le Dr. Yung pour inaugurer sa nouvelle invention : le dispositif mirage qui peut faire revivre n'importe quelle Pokémon grâce à une machine. Ils retrouvent Ondine et le Professeur Chen au laboratoire du Dr. Yung. Mais un étrange individu masqué enlève son invention et par la même occasion le Dr. Yung et le Professeur Chen...

L'histoire débute après la période du Bakumatsu, au printemps 1868, avec la guerre de Boshin. Le personnage principal est le samouraï Akizuki Y?jir? qui arrive à Yokohama en quête d'un objet supernaturel. La trame de l'histoire finit par se mêler à celle de la République indépendante d'Ezo.