A la fin du XXXe siècle, la Terre est en conflit avec une race alien se faisant appeler les Illumidas. Le Capitaine Harlock, à bord de son vaisseau Deathshadow, revient d'un long voyage depuis l'espace pour ramener un groupe de réfugiés vers la planète bleue. Mais à sa grande surprise il est accueilli par des officiers Illumidiens. Les aliens ont conquis la Terre durant son absence et ont asservi l'humanité. Les plus hauts dignitaires Terriens collaborent désormais avec l'envahisseur et enjoignent Harlock à se fondre dans la nouvelle hiérarchie. Mais Harlock, qui refuse de se déshonorer, prend contact avec plusieurs membres de la Résistance : Tochiro, un ingénieur avec lequel il possède des liens ancestraux, Emeraldas, une femme corsaire, et Maya, son amante qui dirige la dernière radio libre. Ensemble il seront rejoints par d'autres combattants de la liberté qui ne reculeront ni devant le sacrifice ni devant l'exil pour suivre leurs idéaux. Sous le pavillon noir de l'Arcadia, combien choisiront de vivre et mourir en hommes libres ?

Myrus est une planète qui a la particularité de ne pas être reliée à un système puisque c'est une planète artificielle, tout comme son atmosphère. Elle "voyage" en fait à travers l'espace. Malheureusement, il y a un siècle environ, elle entra dans une région hostile où la guerre régnait entre deux peuples. Frappée par des armes dévastatrices, toute forme de vie disparue de la surface de Myrus, sauf 3 survivantes : Jane, Catherine et Dominique, les trois filles de la reine de Myrus. Pour reprendre la succession, il n'y a que deux solutions : soit les 3 sœurs tombent amoureuses du même homme, pour pouvoir "fusionner" en une seule entité, soit il ne doit en rester qu'une seule encore en vie sur les 3. Jane, devenue chasseuse de primes, rencontre Cobra et tombe amoureuse de lui. Elle lui demande alors de l'aider à délivrer Catherine, prisonnière du terrible Lord Nekron...

Dans un futur lointain, les humains ont commencé à coloniser des planètes lointaines. Sur la planète Solo, une équipe d'archéologues découvre un mystérieux robot géant, Ideon, ainsi qu’un immense vaisseau spatial, qu’ils baptisent le Solo Ship. Cependant des aliens, le Buff Clan, recherchent eux aussi ces reliques. Persuadés qu'un des leurs a été enlevé par les colons, ils lancent une attaque qui contraint Cosmo Yuki, le héros, et quelques adolescents à monter à bord d’Ideon et à se battre. Suite à cette bataille meurtrière les rares survivants sont rassemblés à l'intérieur du Solo Ship et fuient la planète. C’est le début d’une longue, longue fuite…

C'est les vacances au village Pingouin. La maîtresse d'Arale Midori doit rentrer chez elle car elle a reçu un coup de téléphone l'avertissant que sa mère ne va pas bien. Cependant une fois qu'elle est arrivée, elle voit que sa mère va bien. C'était un piège conçu par le Dr. Mashirito car il veut l'épouser mais Senbei est venu pour la sauver.