La série raconte l'histoire d'Hamtaro, un hamster, appartenant à une jeune fille de 10 ans nommée Laura Haruna (la jeune maîtresse d'Hamtaro) (Hiroko Haruna dans la version japonaise). Curieux de nature, il s'aventure tous les jours à la recherche de nouveaux amis et de nouvelles aventures avec son groupe d'amis nommé les Ham-Ham, composés notamment de Hamiral (le chef), Hamidou (le voisin d'Hamtaro), un hamster, appartenant à une meilleure amie de Laura Haruna nommée Anna Iwata (la jeune maîtresse d'Hamidou) (Kana Iwata dans la version anglaise et japonaise), Bijou (l'amoureuse d'Hamtaro) (elle est russe dans la version française — voir l'épisode 4 — et française dans les versions japonaises et américaines) appartenant à une jeune fille nommée Marina (la jeune maîtresse de Bijou) (Maria-Chan dans la version japonaise) Chapo, Topla, Pashmina, Pénélope, Les jumeaux Tigris et Tigrette (le frère et la sœur), Ronpschit, Librius, Babos, Panda, Ernest, Manitou, Paprika, etc.

Eri et Yuko sont des lycéennes qui se retrouvent soudain comme par magie dans un autre monde étrange où tout est trois fois plus petit que sur Terre et où surtout rien ne tourne rond ! En fait, elles ont été appelées par la reine Arira. Son royaume, Griania, est en guerre avec le pays voisin Baljidan et elle est persuadée que les deux jeunes filles sont des Grands Protecteurs, des espèces de sorcières qui possèdent de puissants pouvoirs seuls capables de mettre définitivement fin au conflit. Le problème, c'est qu'elles n'ont aucun pouvoir du tout ! En plus, les deux jeunes terriennes se détestent ouvertement et ne veulent même pas travailler ensemble ! Sauf bien sûr à la seule condition qu'elles puissent retourner très vite sur notre petite planète...

Saotome Kazuya, étudiant dans une université spécialisée en informatique, n'a jamais été doué pour emballer les filles mais, se laissant absorber par ses études, il ne remarque pas que sa voisine en pince pour lui. Alors que ses recherches commencent à porter ses fruits, le grand rival de Kazuya lui offre un mystérieux CD-ROM en lui disant que c'est un truc très spécial pour lui. En l'utilisant, il s'aperçoit qu'il s'est fait avoir et arrive de justesse à sauver toutes ses données. Cependant, lors de cette manipulation, il commande par accident une poupée cybernétique du nom de May. Lorsqu'il reçoit le colis , il est stupéfait de voir que May est bien plus qu'une poupée conçue pour effectuer les taches ménagères.

La suite de la célèbre série Medabots, suivant les aventures d'Ikki et de Metabee. Ces deux-là rencontrent un ennemi étrange nommé Jinkai et les Death Medabots. Avec Nae et Erica, ils tenteront de vaincre Jinkai et ces nouveaux types de Medabots.

En 1969, Marin Asagi est une collégienne et vit dans une famille adoptive japonaise aimante. Sa vie prend un tournant inattendu dès lors qu'un phénomène mystérieux apparaît dans le ciel. C'est alors que des androïdes meurtriers, Monomakia, débarquent et la traque. Elle est sauvée par un autre androïde, Melan Blue qui devient ainsi son protecteur... Par la suite, ensembles, ils devront sauver la Terre de ces envahisseurs.