Cette histoire reprend les événements survenus sur l'île de Drum dans l'anime et le manga ! L'équipage du chapeau de paille débarque afin de trouver un médecin capable de soigner Nami lorsque soudain, l'ancien souverain de l'île vient pour reprendre son palais!

Fuyuki Hinata et la bande de Keroro étaient en train d'explorer un temple abandonné dans les montagnes de Machu Picchu au Pérou. Durant l'exploration, le groupe découvre une chambre cachée avec un énorme cristal bleu au beau milieu de la pièce, sur un stand avec une clé insérée à l'intérieur. Keroro fait pencher la clé, causant la pièce à activer une mystérieuse machine, ce qui fait vibrer le temple tout entier. Le sergent ne se serait pas douté que cela les mènerait vers une étrange aventure, sans compter une confrontation contre un double maléfique de lui-même !

Nobita trouve un jeune arbre dans les collines, et décide de le ramener chez lui mais sa maman lui interdit de planter des plantes dans son espace. Doraemon sort de sa poche un élixir qui permet de donner la capacité de motricité à l'arbuste, que Nobita décide de nommer Kiibô. Les trois compagnons vont alors partir à l'aventure sur une planète où la nature est en voie de destruction...