Alors que Kogoro se rend dans un temple bouddhiste dans Kyoto pour enquêter sur un vol de statue commis il y a 8 ans, Heiji enquête lui sur une série de meurtres commis par un mystérieux samurai masqué. Bientôt, Conan et Heiji s’apercevront que le vol et les meurtres sont liés et ils unissent leurs forces et leurs intelligences pour résoudre les enquêtes avant l’exposition de la statue au public qui aura lieu dans 2 jours.

RahXephon Tagen Hensoukyoku est le portage pur et simple de la série originelle en un format long-métrage. On retrouve donc les pérégrinations aventureuses, les tribulations amoureuses et autres interrogations métaphysiques de Ayato inchangées à celles de la série, assorties toutefois de quelques scènes supplémentaires précisant les relations entre personnages, surtout celles liant Ayato à Haruka.

Le petit Gilson et sa soeur aveugle Gami sont livrés à eux-mêmes depuis que leur mère est morte dans un incendie. Gilson, trop jeune pour se rappeler de cet évènement, croit qu'ils sont en voyage pour rejoindre leur mère. Gami n'a jamais pu lui avouer la vérité. Sur leur chemin, ils rencontrent un moine qui va les recueillir au sein d'un monastère bouddhiste.

Ce film a été diffusé le même jour que le premier épisode d'Astro Boy (2003). Il s'agit d'une sorte de prequel. Depuis la mort de son fils unique Tobio, le célèbre et génialissime professeur Tenma n'a plus qu'une idée en tête : le ramener à la vie. Pour cela, tous les moyens sont bons, y compris voler une technologie unique conservée au Ministère des Sciences.