Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation (animation classique, manga, images de synthèse...), raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines, et se situe chronologiquement entre Matrix et The Matrix reloaded / The Matrix revolutions.

Mifun Densuke est nouveau à l'Académie Zasshono. Il mène une vie monotone quand un jour, Shinonome Chiaru (une jeune demoiselle dotée d'un insolent tour de poitrine de 88cm bonnet F) le bouscule et que les mains de Mifun s'attardent (accidentellement !?) sur l'énorme poitrine de la demoiselle ! Cet incident provoque le coup de foudre de nos deux jeunes gens. Pour avoir commis ce "crime", Mifun est inscrit au Club Eiken où il rencontre Grâce, la diseuse de bonnes aventures, Kirika qui mange toujours des bananes et des saucisses et qui est divinement pourvue d'un tour de poitrine de 113cm bonnet F. Il rencontre également au sein de ce club, Kyoko qui tombe amoureuse de lui, Bear, le gros-gros nounours, Komoe , la petite (ayant par contre des mensurations prodigieuses) et Sensei, La gérante du club. Mais un jour, Mifun mate malencontreusement Chiaru toute nue. Pour se racheter de cet interdit, il participe au concours du lycée pour lui acheter un cadeau... Mais beaucoup d'épreuves l'attendent !

Les robots et les humains cohabitent dans le même monde, les premiers étant parfaitement intégrés à la société et au service des hommes. Ils sont si parfaitement réalisés que rien ne semble les différencier des humains. Mais cela ne semble pas convenir à tout le monde. En effet, la police enquête sur une suite de meurtres dont les victimes sont toutes... des robots.

Takashiro Kazuna vit avec son oncle et sa tante, depuis le décès de sa mère et l'abandon de son père, alors qu'il n'était encore qu'un enfant. Kazuna est pris d'une sensation bizarre lors d'un cours d'arts plastiques à la vue d'une blessure au doigt d'une camarade de classe, Yaegashi, le rendant soudain nostalgique : il préfère alors revenir vers son passé et comprendre le rejet de son père à son égard. Dès lors il retrouve son ancienne maison, apprend le décès de son père et fait connaissance avec sa sœur, Chizuna, belle et mystérieuse, qui cache en elle un bien lourd secret lié à sa maladie : le besoin de sang humain, malaise qui peut rendre fou et qui causa la mort de leur mère. Cette maladie va les unir, les déchirer et révèlera la malédiction qui pèse sur leur famille.

Maya, Kurusu et Chelsea ont très bien réussi à se venger de Guardian Hearts pour les avoir fait souffrir. Maya et ses amis pensaient que Guardian Hearts apparaissaient généralement quand Kazuya s'entendait bien avec une fille. Ne sachant pas que Guardian Hearts est en fait Hina, ils la laissent tranquille avec Kazuya pour tenter d'attirer les Guardian Hearts.

Dans leur enfance, Hiori, Ken et Yuki passait leur temps ensemble à s'amuser. En s'arrêtant devant des distributeurs, Ken vit des yoyos mais il ne gagna qu'une bague. Hiori, qui avait fait la promesse à la sœur de Ken d'être sa fiancée, lui demanda de le lui offrir. Celui-ci fut d'accord en échange d'un yoyo. Elle attrapa un yoyo et se faisant tard, elle demanda à Yuki de faire l'échange et de lui rapporter la bague. Yuki garda la bague et n'eut plus de nouvelles de Hiori. Yuki n'est pas vraiment la sœur de Ken et leur entourage les prennent pour un couple. Toutes les nuits, Ken entend alors une jeune fille pleurer dans son armoire. En l'ouvrant, il tombe sur Hiori mais ce n'est qu'un fantôme amnésique ! la Saint-Valentin approche et Yuki a toujours eu des sentiments pour son pseudo-frère.

Joe Yuuki is one of Shibuya's top DJs and comes from a well-to-do family. Joe Akamine is a delivery boy from a poorer family who also trains to potentially be a pro boxer. When Akamine challenges people for money at the local park, Yuuki fights him and is defeated. Yuuki decides to take up boxing so that he can fight Akamine again and beat him, not knowing that Akamine is being trained by a world-champion boxer who is also the father of his new female friend.