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En 2035, le Japon a connu un accident très grave nommé le "Burst". A cause des nombreuses recherches scientifiques du Japon, ils ont réussi à créer une forme de vie artificielle nommée "Matter". Cependant, cette forme de vie a envahi toute la région de Kurobe. Les scientifiques ayant survécu à ce désastre artificiel, se sont réunis dans une ville sous ordre du gouvernement pour trouver une solution. Deux années plus tard, Tachibana Aiko, une jeune lycéenne qui a perdu sa famille à cause de la catastrophe apprend quelque chose d'incroyable de la part de Kanzaki Yuya, un nouvel élève transféré le jour même. Un secret concernant la "Matter" est caché au plus profond de son corps. Ce secret peut soit sauver les humains ou les anéantir complètement...

Trente ans après qu'une épidémie a transformé les victimes en insectes carnivores, une jeune fille recherche sa mère en compagnie d'un jeune exterminateur.

L’histoire se déroule dans un Japon alternatif dans lequel 7 redoutables leaders s’affrontent ; Parmi eux, le dangereux Suoh Mikoto alias Red King dirige le gang HOMRA. L’impassible Munakata Reisi alias Blue King est à la tête des SCEPTER4. Nous suivons un jeune lycéen du nom de Isana Yashiro qui se retrouve impliqué dans ces batailles.

Japon, 2010. Le Japon subit une attaque terroriste d'une ampleur effroyable. Onze missiles frappent le pays mais aucune victime n'est à déplorer. Ce jour est depuis appelé "le Lundi funeste". Etats-Unis, Washington, 2011. Alors que la jeune Saki Morimi profite d'un voyage scolaire pour visiter la Maison Blanche, elle fait une rencontre des plus mystérieuses en la personne d'Akira Takizawa. Non seulement le jeune homme est nu, mais il est amnésique et armé. Vite identifié comme terroriste, Akira s'enfuit en entraînant Saki dans son évasion. Tokyo, 2011. Le Japon subit une nouvelle attaque qui cette fois-ci fait plusieurs victimes. Akira et Saki se retrouvent pris dans la tourmente des attentats dont le jeune homme semble avoir sa part de responsabilité. Terroriste ou victime ? Le seul élément qui relie Akira à son passé est un étrange téléphone portable associé à un compte crédité de 10 milliards de yens...