Si vous avez aimé Maji de Watashi ni Koi Shinasai!

Kurokami Medaka est élue comme Présidente du conseil étudiant alors qu’elle n’est qu’en première année de Lycée. Et pour cause, elle a mis à disposition une Boite à doléance (Medaka Box) dans laquelle les élèves peuvent y mettre leur requête et dont le conseil s’occupe d’y répondre. Avec l’aide de Zenkichi, Akune et Kikaijima, Medaka redonne un peu d’espoir aux élèves en détresse.

Sunao vient d'être transférée dans la ville où elle a vécu une partie de son enfance. Elle va donc découvrir les changements, dont la tyrannique présidente des étudiantes qui lui refusera son club de théâtre pour une raison absurde ; mais aussi retrouver ses anciens compagnons, dont son amour secret, qui l'avait, avant leur séparation, traitée de daïkon (radis blanc)...

Au sein du lycée d'Otogi se trouve un club particulier, une association d'entraide des étudiants. Moyennant une dette des élèves demandeurs, la « Banque Otogi » s'occupe de régler les divers problèmes et conflits de ses « clients ». Parmi les membres de ce club figure Ryôko Ookami, jeune fille peu sociable et férue de boxe, qui s'occupe des missions musclées. Un soir, elle croise dans la rue un jeune homme étrange qui lui déclare sa flamme. Après l'avoir rejeté, elle en parle à son amie Ringo Akai, également membre du club. Cette dernière mène son enquête et découvre l'identité du jeune homme, Ryôshi Morino, un garçon discret de leur classe et atteint d'une tare assez gênante : la blemmophobie. Cette peur d'être regardé, il l'a contracté durant sa jeunesse, passée majoritairement en montagne auprès de son grand-père. Intriguée par celui qui a osé se déclarer à la « louve » du lycée, Ringo décide de l'inviter dans le club. Cependant, Ryôko le voit comme un boulet et ne semble pas près de l'accepter.

Du jour au lendemain un virus n’atteignant que les femmes est déclaré. Ce virus touchant la planète entière peut être différent d’une femme à une autre. La première forme du virus permet à celle qui le porte de se transformer en arme et la seconde forme est l’aptitude à manier ces dernières. Pour éviter tout conflit avec la population, les porteurs du virus sont envoyés sur des îles loin de la civilisation. Ces îles servent aussi à former des duos entre les différentes personnes. Dans cette histoire nous suivons le duo Shikishima Mirei et Shojo