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Fenarinarsa, le "Pays Imaginaire" autrefois relié a la Terre, s'est détaché de celle-ci et dérive à travers l'espace. La cause : la perte chez les humains de la faculté d'espérer et de rêver. Constatant le désastre après un sommeil millénaire, le Roi et la Reine de Fenarinarsa envoient sur terre leur fille unique, Gigi, dotée d'un pendentif magique lui permettant de se transformer quelques instants en une jeune femme aux aptitudes spécifiques. Les bonnes actions de la jeune fille feront apparaître un bijoux sur la couronne royale, mais Fenarinarsa ne pourra rejoindre la Terre qu'une fois les douze joyaux révélés.

Mary Bell, a magical girl who looks like a girl around five years old, comes to the human world from a magical world called "Flower Magic World", and helps and encourages people.

Kana Fujii, Reimi Itsushiro et Hibiki Morishima sont trois guérisseuses en formation à la clinique de phoniatrie de Karasuma. Elles apprennent l’art de soigner les maladies et les blessures des patients par le pouvoir de leur voix.

Nagisa Misumi et Honoka Yukishiro sont deux collégiennes. Si Nagisa est plutôt sportive, Honoka est, quant à elle, plutôt studieuse. Un soir, Nagisa voit par la fenètre des centaines d'étoiles filantes dans le ciel. Elle fait un vœu et se retrouve en possession d'un petit appareil appelé "Compact" dans lequel se trouve une petite créature, Mepple. Mepple incite Nagisa à partir à la recherche de la princesse Mipple, Nagisa se retrouve alors face à Pisard, qui semble en vouloir à Mepple. Honoka est également présente. Les jeunes filles sont acculées et n'ont pas le choix, elles doivent devenir des Pretty Cure pour pouvoir affronter Pisard. Nagisa devient Black Cure, et Honoka, White Cure. Leurs combats ne font que commencer...