Terre, 2029. Des éléments chimiques commencent à disparaitre mystérieusement, entrainant de gigantesques cataclysmes. Les éléments sont aspirés dans le monde de Nega-Earth, un monde parallèle à la Terre.
Quelques cinquante années plus tard, Ren, Chiara et Homi explorent un mystérieux château. Sans le savoir, ils vont être entrainés à la recherche des éléments disparus, et devenir des Element Hunters. Ils devront pour cela combattre les QEX -monstres se formant lorsqu'un animal de Nega-Earth absorbe des éléments provenant de la Terre- et récupérer les éléments qui les composent.