Depuis la défaite de Genichirô face au maléfique Levi Ra, le quartier tokyoïte de Shinjuku n'est plus qu'un champ de ruines où rôdent une poignée d'humains et quelques monstres. Dix ans après le duel dantesque responsable de ce désastre, un péril encore plus grand menace l'humanité : l'ouverture d'un portail vers une dimension démoniaque. Accompagné de la belle Sayaka, un lycéen du nom de Kyoya (le fils de Genichirô) va tenter de contrecarrer les plans de Levi Ra.

Dans le Netherworld il existe une école qui forme les futurs générations de démons, la Evil Academy ! Dans cet institut, deux classes d'élèves sont à différencier : les délinquants, qui osent venir à l'heure et font leurs devoirs, et les étudiants honorables, généralement assez chaotiques ! Nous suivons alors l'histoire de Mao, le meilleur parmi les étudiants honorables et fils de l'Overlord local (le directeur de l'école). Suite à la destruction de sa console par son père, notre démon décide que la seule solution pour se venger est de tuer ce dernier ! Accompagné du héros humain Almaz, une nouvelle ère de chaos risque de s'abattre sur le Netherworld et sur l'école !