Depuis la défaite de Genichirô face au maléfique Levi Ra, le quartier tokyoïte de Shinjuku n'est plus qu'un champ de ruines où rôdent une poignée d'humains et quelques monstres. Dix ans après le duel dantesque responsable de ce désastre, un péril encore plus grand menace l'humanité : l'ouverture d'un portail vers une dimension démoniaque. Accompagné de la belle Sayaka, un lycéen du nom de Kyoya (le fils de Genichirô) va tenter de contrecarrer les plans de Levi Ra.