Dans cet animé, nous suivrons les péripéties de l’équipe de foot du collège Raimon, considérée comme une faible équipe ne disposant même pas de onze joueurs pour pouvoir jouer des matchs. Emmenés par leur capitaine Endô, le gardien de but, ils se voient offrir l’opportunité d’affronter l’école de Teikoku, la meilleure équipe du pays, vainqueur du renommé tournoi Football Frontier quarante années de suite. Comment s’en sortiront nos héros face à cette puissante équipe ? Et qui est ce mystérieux Gôenji à la frappe surpuissante nouvellement arrivé au collège Raimon… La suite des aventures de nos héros nous en apprendra davantage.

10 après les événement d'Inazuma Eleven, Mark Evans et ses amis sont confrontés à une organisation du nom de Cinquième Secteur, qui menace les règles du football telles que tous les joueurs à travers le monde les connaissent. En effet, ils souhaitent répartir les victoires et les défaites équitablement, une règle insensée pour la plupart des joueurs. Alors qu'Arion Sherwind entre enfin dans le collège de ses rêves, le fameux collège Raimon, il apprend la nouvelle et décide, avec ses compagnons, de défier ces joueurs qui veulent changer le football !