Manhole est un thriller biologique. L'histoire commence alors qu'un homme nu déambule avec une démarche inquiétante dans une rue marchande de la ville de Sasahara. Il s'écroule terrassé par un mystérieux virus : la filariose.

Tout le monde commence à croire à une contamination de grande envergure qui risque de décimer la population nippone. Mais derrière cette épidémie apparemment naturelle, se cache en fait une machination qui est l'oeuvre d'hommes sans scrupules...