L'histoire prend place en 1937, la veille de la Seconde Guerre mondiale, au sein d'une mystérieuse organisation nommée "D Agency." L'organisation est créée par le Lieutenant-colonel Yuki de l'armée Impériale du Japon. Ses idéaux vont le pousser à recruter des personnes au-delà des diplômés de l'académie militaire, en les formant à devenir des agents qualifiés dans les arts de la manipulation.

Dans cette organisation, nous suivons Jiro Kato, qui prend par à une mission qui consiste à récupérer des documents nommés Black Note en combattant les forces intérieur, sans les autres membres de son équipe.