A l’aube de la Seconde Guerre mondiale, pendant l’automne 1937, le lieutenant-colonel Yuki de l’armée impériale met en place dans le plus grand secret l’Agence D, un organisme formant des espions. Contrairement aux jeunes hommes qui intègrent l’armée dans un esprit nationaliste, les personnes recrutées sont des génies universitaires. Ils sont formés à manier les explosifs, les communications sans fil, à conduire des véhicules ou des avions, et surtout à recueillir de précieuses informations. Tuer ou se suicider fait partie des options de ces agents, pour qui la discrétion reste le maître mot. Nous suivons les missions à haut risque de ces jeunes recrues dont l’intrépide génie Kato…

L'histoire prend place en 1937, la veille de la Seconde Guerre mondiale, au sein d'une mystérieuse organisation nommée "D Agency." L'organisation est créée par le Lieutenant-colonel Yuki de l'armée Impériale du Japon. Ses idéaux vont le pousser à recruter des personnes au-delà des diplômés de l'académie militaire, en les formant à devenir des agents qualifiés dans les arts de la manipulation. Dans cette organisation, nous suivons Jiro Kato, qui prend par à une mission qui consiste à récupérer des documents nommés Black Note en combattant les forces intérieur, sans les autres membres de son équipe.