Âgé de 16 ans, Subaru Suméragi, treizième chef du clan Suméragi, partage son temps entre sa sœur jumelle, Hokuto, son pseudo petit ami, Seishirô Sakurazuka, et son métier : Maître du Yin et du Yang (médium et exorciste). Les enquêtes du jeune homme nous entraînent à la découverte du côté sombre de la ville de T?ky? et de ses habitants. Toutefois, Subaru ne semble pas fait pour ce métier et sa sœur ne manque pas de s'inquiéter pour lui. À raison semble-t-il puisqu'à plusieurs reprises, sans qu'aucun des deux jeunes gens ne le sache, l'aide discrète de Seishirô aura sauvé Subaru de justesse. Seulement Seishirô, lui, n'a rien d'un magicien. Il pratique le métier de vétérinaire, métier qu'aurait voulu exercer Subaru, et n'est pas censé posséder les mêmes facultés que son jeune ami. À moins bien sûr, qu'il ne soit pas ce qu'il prétend être. De son côté, Subaru a lui aussi quelques petits secrets. Bien que sa sœur l'entraîne à porter les vêtements les plus excentriques, la seule chose qu'il conserve toujours dans ses tenues, ce sont ses gants. Quel mystère est caché là dessous ?

1999 : le jeune Kamui Shiro et sa mère Toru ont quitté précipitamment Tôkyô il y a six ans, laissant derrière eux Fuma et Kotori, des amis d'enfance. Alors que ses pouvoirs surnaturels se développent, Kamui voit sa mère se laisser brûler volontairement dans un incendie : sa dernière volonté est qu'il retourne à Tokyo. Il s'exécute, mais fait tout pour éviter avec une grande froideur Fuma et Kotori. Ceux-ci ne comprennent pas qu'il essaye ainsi de leur éviter les ennuis qui semblent le poursuivre où qu'il aille : Kamui est régulièrement assailli par des manifestations magiques hostiles, et des individus suspicieux tentent de le contacter. Cédant à leurs insistances, Kamui finira par comprendre qu'il est la clé de la bataille de l'Apocalypse à venir, "celui dont le Destin n'est pas écrit. " Les six Anges et les six Sceaux, représentants humains des volontés divines, doivent s'affronter, l