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1999 : le jeune Kamui Shiro et sa mère Toru ont quitté précipitamment Tôkyô il y a six ans, laissant derrière eux Fuma et Kotori, des amis d'enfance. Alors que ses pouvoirs surnaturels se développent, Kamui voit sa mère se laisser brûler volontairement dans un incendie : sa dernière volonté est qu'il retourne à Tokyo. Il s'exécute, mais fait tout pour éviter avec une grande froideur Fuma et Kotori. Ceux-ci ne comprennent pas qu'il essaye ainsi de leur éviter les ennuis qui semblent le poursuivre où qu'il aille : Kamui est régulièrement assailli par des manifestations magiques hostiles, et des individus suspicieux tentent de le contacter. Cédant à leurs insistances, Kamui finira par comprendre qu'il est la clé de la bataille de l'Apocalypse à venir, "celui dont le Destin n'est pas écrit. " Les six Anges et les six Sceaux, représentants humains des volontés divines, doivent s'affronter, l