Glass Heart est le nom de code d'une tueuse professionnelle redoutable. Entraînée depuis l'enfance à agir pour le compte de son puissant syndicat, elle ne fait preuve d'aucun sentiment. Pourtant, après avoir accompli sa cinquantième mission, son coeur, déjà fragilisé par toutes les vies volées, se brise lorsqu'elle aperçoit une petite fille rejoindre l'homme qu'elle vient d'éliminer. Peine, tristesse, remord, s'en est trop : désespérée, Glass Heart décide de sauter du toit d'un gratte-ciel pour se libérer et retrouver la quiétude à laquelle elle aspire. C'est sans compter sur ses employeurs qui n'entendent pas perdre leur meilleur élément. Afin de remplacer le coeur de Glass Heart, abîmé dans sa tentative de suicide, ses patrons lui en font greffer un nouveau. Mais d'où provient-il ? Et quel est cet homme, ce City Hunter, qui apparaît depuis lors dans les rêves de Glass Heart ? Cet homme qu'elle n'a jamais vu, mais dont elle se sent étrangement proche. A qui appartenait donc ce coeur?

Dans la suite des aventures de Ryo Saeba / City Hunter et Glass Heart/Xiang-Ying, Rena Kisaragi, une talentueuse actrice, fait appel à City Hunter pour retrouver sa liberté d’aimer. La jeune femme possède une montre étrange, qui, bien qu’en parfait état de marche, ne bouge pas. Il est dit que le sortilège ne pourra être brisé que lorsque Rena rencontrera son âme soeur et que l’homme en question touchera la montre. Mais aujourd’hui, à trente-quatre ans, Rena est fatiguée de la solitude et ne veut plus être sous le contrôle de cette montre maudite. N’ayant pas le courage de la détruire elle-même, elle supplie City Hunter de le faire.

Ryo Saeba et Makimura sont des nettoyeur professionnels, mais au cours d'un travail, Makimura perd la vie. Ryo se voit donc confiée la soeur de Makimura : Kaori. Elle va devenir son assistante de tous les moments, même des plus périlleux. Ils vont vivre des aventures plutôt inhabituelles et venir à bout des malfaiteurs les plus coriaces.