Glass Heart est le nom de code d'une tueuse professionnelle redoutable. Entraînée depuis l'enfance à agir pour le compte de son puissant syndicat, elle ne fait preuve d'aucun sentiment. Pourtant, après avoir accompli sa cinquantième mission, son coeur, déjà fragilisé par toutes les vies volées, se brise lorsqu'elle aperçoit une petite fille rejoindre l'homme qu'elle vient d'éliminer. Peine, tristesse, remord, s'en est trop : désespérée, Glass Heart décide de sauter du toit d'un gratte-ciel pour se libérer et retrouver la quiétude à laquelle elle aspire.
C'est sans compter sur ses employeurs qui n'entendent pas perdre leur meilleur élément. Afin de remplacer le coeur de Glass Heart, abîmé dans sa tentative de suicide, ses patrons lui en font greffer un nouveau. Mais d'où provient-il ? Et quel est cet homme, ce City Hunter, qui apparaît depuis lors dans les rêves de Glass Heart ? Cet homme qu'elle n'a jamais vu, mais dont elle se sent étrangement proche. A qui appartenait donc ce coeur?