En 1999, un vaisseau alien s'écarse sur l'île d'Atalie du Sud. L'humanité sait maintenant qu'elle n'est pas seule dans l'univers. 10 ans plus tard le vaisseau a été réparé et baptisé SDF-1 Macross. Néanmoins, le jour du lancement, les Zentradiens arrivent sur Terre, débutant ainsi le guerre entre l'UN Spacy et les Zentradien, guerre qui changera pour toujours l'histoire des 2 espèces.

Cela fait 5 mois que le Macross a quitté la Terre. Le Macross est un gigantesque vaisseau de combat spatial, cependant à l'intérieur c'est une véritable ville, avec ses avenues marchandes etc... Lors d'un concert de Lyn Minmei, une star de la chanson, les Zentran attaquent le vaisseau. La chanteuse frôle la mort et grâce à l'aide de Hikaru, pilote de l'escadron Valkyrie, lui sauve la vie. Malheureusement, ils échouent dans une zone désafectée du Macross. C'est alors que commence une histoire d'amour entre le jeune pilote et la star.