En 1999, une forteresse spatiale géante étrangère à notre monde s'écrase sur l'île d'Atalie du Sud, dans le Pacifique, démontrant ainsi l'existence d'une race extraterrestre. Au cours d'une Guerre d'Unification sanglante, les nations de la Terre forment un gouvernement unique afin d'investiguer l'épave et développer sa technologie pour leur propre compte dans la perspective d'une invasion d'êtres venus d'ailleurs. 10 ans plus tard, alors que la forteresse reconstruite et baptisée SDF-1 s'apprête à faire son voyage inaugural, une race d'aliens appelés Zentrans fait son apparition : la Guerre Stellaire qui s'ensuit changera pour toujours le cours de l'histoire des deux civilisations...

En 1999, un énorme vaisseau extra-terrestre s'écrasa sur Terre. Les Humains parvinrent à maîtriser cette nouvelle technologie et l'utilisèrent dans un but militaire, aboutissant à une guerre entre les forces gouvernementales et antigouvernementales. De nombreuses vies furent perdues lors de ces combats, et les forces militaires furent petit à petit obligées de recruter leurs soldats parmi les jeunes. C'est ainsi que Kudô Shin, jeune recrue qui n'était encore qu'un enfant lorsque le conflit commença, se retrouve au sein des forces gouvernementales en tant que pilote de F-14. Lors d'une mission, son appareil est touché et s'écrase en mer. A son réveil, il s'aperçoit qu'il a été sauvé par une tribu habitant une île qui semble avoir été oubliée par le temps : Maya.

Isamu Alva Dyson est le meilleur pilote de l'UN Spacy, mais aussi le plus indiscipliné. Après une ènieme confrontation avec son supérieur, celui-ci lui annonce qu'il est retiré des champs de bataille et sera finalement muté comme pilote d'essai sur la planète Eden. Isamu, complètement euphorique à l'idée de piloter le fleuron des nouveaux modèles de chasseur, se rend donc sur Eden où il a vécu étant enfant. Seulement, le pilote du projet concurrent est Guld Goa Bowman, un ami d'enfance d'Isamu avec lequel il est en froid. Au même moment, Myung Fan Long, productrice de la chanteuse virtuelle Sharon Apple et amie d'enfance des deux pilotes, prépare le concert de sa vedette électronique sur Eden. Au fur et a mesure, les vieux souvenirs reviennent, les rancœurs se font violentes, mais surtout, une conscience naît dans l'ombre...

Cela fait 5 mois que le Macross a quitté la Terre. Le Macross est un gigantesque vaisseau de combat spatial, cependant à l'intérieur c'est une véritable ville, avec ses avenues marchandes etc... Lors d'un concert de Lyn Minmei, une star de la chanson, les Zentran attaquent le vaisseau. La chanteuse frôle la mort et grâce à l'aide de Hikaru, pilote de l'escadron Valkyrie, lui sauve la vie. Malheureusement, ils échouent dans une zone désafectée du Macross. C'est alors que commence une histoire d'amour entre le jeune pilote et la star.

Cet OAV est en fait une compilation des chansons interprétées par la doubleuse de Lynn Minmay (Mari Iijima), centrée sur les plus grands moments du film "'Do you remember love". De plus la fin de l'OAV révèle, un bref moment, le futur de Lynn Minmay restée sur le Macross.