Dans un futur lointain, les humains ont commencé à coloniser des planètes lointaines. Sur la planète Solo, une équipe d'archéologues découvre un mystérieux robot géant, Ideon, ainsi qu’un immense vaisseau spatial, qu’ils baptisent le Solo Ship. Cependant des aliens, le Buff Clan, recherchent eux aussi ces reliques. Persuadés qu'un des leurs a été enlevé par les colons, ils lancent une attaque qui contraint Cosmo Yuki, le héros, et quelques adolescents à monter à bord d’Ideon et à se battre. Suite à cette bataille meurtrière les rares survivants sont rassemblés à l'intérieur du Solo Ship et fuient la planète. C’est le début d’une longue, longue fuite…