Il s'agit de la suite directe de l'anime Uchuu Senkan Yamato 2199. Les films ont une durée allant de 53 à 110 minutes. 2202, trois ans après la bataille de Gamillas, le système solaire est de nouveau en paix et la Terre a été restaurée grace au dispositif donné par Starsha Iscandar. Un traité de paix a officialisé la fin de la guerre entre la Terre et Gamillas qui s'allie pour former une force armée intergalactique avec comme nouveau navire amiral, l'Andromeda, symbole de cette puissance militaire constituée malgré les vœux de paix de Starsha Iscandar. Mais quand une nouvelle puissance, Gatlantis (appelée également l'Empire de la Comète Blanche) commence à faire des ravages et veut conquérir l'univers, Teressa, une femme ayant d'étonnants pouvoirs, fait de nouveau appel au cuirassé Yamato commandé par Susumu Kodai pour riposter à la nouvelle menace.

Après avoir rempli sa mission sur Iscandar, le vaisseau terrien Yamato fait route vers la Terre. En chemin il rencontre des chasseurs Gatlantes qui engagent le combat afin de s'emparer du Yamato et sa précieuse technologie. En l'absence du Capitaine Okita, Susumu Kodai prend la direction des opérations et choisit d'éviter le combat en faisant faire un saut "supra-luminique" au vaisseau. Cependant la manipulation dérape et propulse le Yamato au cœur de ce qui semble être une faille dimensionnelle, où ils sont appelés par une intelligence extraterrestre mystérieuse. Quels secrets résident dans cet espace inconnu auquel les règles de la logique ne s'appliquent plus ?

Année 2199. L'humanité vit ses derniers jours. La puissante flotte de la planète Gamilas envoie des astéroïdes radioactifs s'abattre sans relâche sur la surface de la Terre, la rendant inhabitable. Les survivants se sont réfugiés dans de vastes cités souterraines, mais la contamination radioactive s'enfonce toujours plus profond, et il n'y aura bientôt plus de refuge possible pour l'espèce humaine. Un message de Starsha, reine de la planète Iscandar, et détentrice du "Cosmo Cleaner D", une machine de décontamination, pourrait sauver la Terre du triste sort qui l'attend...

Film compilant les événements de Uchuu Senkan Yamato 2199.