Après avoir rempli sa mission sur Iscandar, le vaisseau terrien Yamato fait route vers la Terre. En chemin il rencontre des chasseurs Gatlantes qui engagent le combat afin de s'emparer du Yamato et sa précieuse technologie.
En l'absence du Capitaine Okita, Susumu Kodai prend la direction des opérations et choisit d'éviter le combat en faisant faire un saut "supra-luminique" au vaisseau. Cependant la manipulation dérape et propulse le Yamato au cœur de ce qui semble être une faille dimensionnelle, où ils sont appelés par une intelligence extraterrestre mystérieuse. Quels secrets résident dans cet espace inconnu auquel les règles de la logique ne s'appliquent plus ?