A la fin du XXXe siècle, la Terre est en conflit avec une race alien se faisant appeler les Illumidas. Le Capitaine Harlock, à bord de son vaisseau Deathshadow, revient d'un long voyage depuis l'espace pour ramener un groupe de réfugiés vers la planète bleue. Mais à sa grande surprise il est accueilli par des officiers Illumidiens. Les aliens ont conquis la Terre durant son absence et ont asservi l'humanité. Les plus hauts dignitaires Terriens collaborent désormais avec l'envahisseur et enjoignent Harlock à se fondre dans la nouvelle hiérarchie. Mais Harlock, qui refuse de se déshonorer, prend contact avec plusieurs membres de la Résistance : Tochiro, un ingénieur avec lequel il possède des liens ancestraux, Emeraldas, une femme corsaire, et Maya, son amante qui dirige la dernière radio libre. Ensemble il seront rejoints par d'autres combattants de la liberté qui ne reculeront ni devant le sacrifice ni devant l'exil pour suivre leurs idéaux. Sous le pavillon noir de l'Arcadia, combien choisiront de vivre et mourir en hommes libres ?

En 2977, les Terriens nagent dans l’opulence. Ils ont envoyé des robots qui exploitent les ressources d'autres planètes. Tout ce qui est récolté est distribué gratuitement à la population. Par le truchement de l'abrutisseur mondio-visuel, les seigneurs bloquent les pensées d'un peuple asservi. Dénué de pouvoir réflexif, celui-ci se croit heureux. Pourtant, une mystérieuse sphère noire, recouverte de glyphes inconnus, s'écrase sur Terre. Alors que le gouvernement mondial se montre incapable de réagir, une menace extraterrestre se concrétise bientôt via les Sylvidres, femmes guerrières longilignes au teint verdâtre. Leurs exactions sont attribuées à Albator et à ses pirates ; pourtant, lui seul prend la menace au sérieux et s'engage à les combattre.